La misión del Servicio Autónomo de Contraloría Sanitaria es la de ejercer un rol regulatorio sobre los productos y servicios de uso y consumo humano, aminorando los riesgos que sobre la salud produce el uso y consumo de los mismos. Además el ámbito regulador sanitario de esta dirección es un componente importante en la prevención de salud además de tener elementos que sirven de base para desarrollar politicas dirigidas a la gestión de los profecionales que intervienen en la salud. Promover, proteger y garantizar la salud en la República Bolivariana de Venezuela, ejerciendo la rectoría en materia de registro, vigilancia y control sanitario de los productos de uso y consumo humano, así como los establecimientos y profesionales de la salud.
Ser la autoridad sanitaria a nivel nacional de mayor reconocimiento por su función y prestigio internacional, contando para ello con un equipo humano multidisciplinario, capacitado y comprometido con los principios y valores institucionales.
Celeridad, Compromiso, Creatividad, Eficacia, Eficiencia, Equidad, Ética, Excelencia en el Servicio, Honestidad, Participación, Proactividad, Rendición de Cuentas, Respeto, Responsabilidad en el Ejercicio de la Función Pública, Tolerancia, Trabajo en Equipo y Transparencia.
La competencia del Servicio Autónomo de Contraloría Sanitaria se extienede a los 24 Estados del País, presentes a través de Coordinaciones Estadales de Contraloría Sanitaria; las cuales ejecutaran las directrices y lineamientos de la Contraloria Central.